Kabupaten Nunukan memiliki berbagai Sumber Daya Alam (SDA) yang potensial untuk dikembangkan diantaranya dibidang kehutanan, pertanian, dan pertambangan dan Perairan Nunukan yang memiliki sumberdaya ikan yang potensial sehingga perairan Nunukan dihuni oleh tumbuh-tumbuhan, hewan dan mikroorganisme yang tak terbilang banyaknya, biota yang hidup sangat bervariasi, misalnya berbagai jenis kepiting, udang, kerang dan juga terdapat biota-biota lainnya seperti plankton. Perairan Laut Nunukan dihuni oleh berbagai organisme dan mikrorganisme seperti zooplankton. Zooplankton merupakan kelompok plankton yang terdiri dari kelompok hewan-hewan yang berukuran kecil yang mampu bergerak namun tidak terlalu kuat untuk menahan gerakan air yang begitu besar. Zooplankton merupakan indikator biologi dalam menentukan kondisi perairan. Perairan Laut Nunukan ini di manfaatkan oleh masyarakat pesisir untuk kegiatan budidaya rumput laut, penangkapan ikan dan lain-lain. Tujuan penelitian ini yaitu untuk memperoleh gambaran struktur komunitas zooplankton yang meliputi kelimpahan, keanekaragaman, keseragaman, dan dominansi sebagai bioindikator pencemaran di Perairan Pulau Nunukan. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Januari-April 2018. Metode yang digunakan adalah deskriptif kuantitatif dan penentuan lokasi menggunakan teknik purposive sampling. Pengambilan sampel dilakukan pada saat pasang tertinggi dan surut terendah dengan tiga kedalaman permukaan, tengah dan dasar. Hasil penelitian menunjukkan jumlah zooplankton yang terdapat diperairan Laut Nunukan terdiri dari 9 kelas dan 20 spesies. Jenis kelas yang sering ditemukan disetiap pengamatan adalah kelas Crustacea. Keanekaragaman zooplankton pada saat pasang berkisar 1,00-1,90 dan surut berkisar 1,29-1,90. Berdasarkan keanekaragaman zooplankton, perairan laut pulau Nunukan mengalami tingkat pencemaran sedang.
Kata Kunci: Perairan Pulau Nunukan, Bio indikator, Struktur Komunitas Zooplankton

Nunukan Regency has a variety of natural resources (SDA) that have the potential to be developed including in the fields of forestry, agriculture and mining and Nunukan waters which have potential fish resources so that Nunukan waters are inhabited by innumerable plants, animals and microorganisms, biota life varies greatly, for example various types of crabs, shrimp, shellfish and there are also other biota such as plankton. Nunukan Sea waters are inhabited by various organism and microorganism such as zooplankton. Zooplankton is group of plankton that consisting of small group animals that are capable to moving but not too strong to restrain the march of big water. Zooplankton is a biological indicator in determining the waters condition. Nunukan Sea waters are utilized by coastal communities for seaweed cultivation, fishing and others. The purpose of this study is to obtain the picture of zooplankton community structure that includes abundance, variety, uniformity, and dominance as a bioindicator of pollution in the waters of Nunukan Island. This research was conducted in January-April 2018. The method is descriptive quantitative and location determination that using purposive sampling technique. Sampling was done at high tide and lows with three depths of surface, middle and bottom. The result showed the number of zooplankton contained in the Nunukan Sea consists of 9 classes and 20 species. The type of class that often found in every observation is the Crustacea class. The variety of Zooplankton at high tide is range from 1.00 to 1.90 and recedes from 1.29 to 1.90. Based on the variety of zooplankton, the sea waters of Nunukan Island show that moderately pollution level. Keywords: Water of Nunukan Island, Bio indicator, Zooplankton Community Structure