Produksi udang windu (Penaeus monodon) di Kota Tarakan mengalami penurunan dalam beberapa tahun ini, pada tahun 2013 produksi udang windu di Kota Tarakan sebesar 9.532 ton dan menurun menjadi 8.998 ton pada tahun 2014 (DKP, 2015) tidak hanya pada tambak pembesaran, tetapi juga pada benih atau bibit udang windu. Beberapa penyakit yang menyerang udang windu adalah White Spot Syndrome Virus (WSSV) dan Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease (AHPND). Pengambilan sampel udang windu berasal dari empat lokasi yang berbeda yakni di Muara Bulungan Timur, Muara Bulungan Barat, Muara Bulungan Selatan dan Hatchery di Pantai amal, dengan jumlah sampel sebanyak 7 sampel. Organ target untuk ekstraksi DNA pada sampel yang berasal dari tambak pembesaran yaitu insang, kaki renang dan hepatopancreas, sedangkan untuk benur organ targetnya yaitu seluruh anggota tubuhnya dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Setiap sampel untuk ekstraksi DNA menggunakan Kit Nuggen dan DTAB/CTAB Extraction Kit, hasil diagnosis White Spot Syndrome Virus sampel dinyatakan negatif dengan satu band berukuran 523 bp, sedangkan untuk Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease dinyatakan positif AHPND dengan pita DNA berukuran 230 bp.
Kata Kunci: WSSV, AHPND, UDANG WINDU, PCR

The production of Giant Tiger shrimp (Penaeus monodon) in Tarakan city has decreased in the last few years, in 2013 tiger shrimp production in Tarakan City amounted to 9,532 tons and decreased to 8,998 tons in 2014 (DKP, 2015). The Purpose on diseases that attack tiger shrimp needs to be done not only in the farms of enlargement, but also on the seeds or seedlings of Giant tiger shrimp. Some diseases that attacked Giant Tiger shrimp are White Spot Syndrome Virus (WSSV) and Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease (AHPND). The sampling of Giant Tiger shrimp are from four different locations, they are East Muara Bulungan, West Muara Bulungan, South Muara Bulungan and Hatchery in the Amal Beach, with seven samples. The target organ for DNA extraction in samples from the farms of enlargement are gills, swimming legs and hepatopancreas, while the target organ of shrimp seeds is all of its limbs by Polymerase Chain Reaction (PCR) method. Each sample for DNA extraction using a Nuggen Kit and a DTAB/CTAB Extraction Kit, the diagnosis result of White Spot Syndrome Virus sample was negative with one band measuring 523 bp, while for Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease was expressed positive AHPND with a DNA band measuring 230 bp. Keywords: WSSV, AHPND, PENAEUS MONODON, PCR