Pelabuhan Malundung Tarakan berperan sebagai pintu gerbang di wilayah Kalimantan Utara dan merupakan pelabuhan internasional. Pelabuhan Malundung Tarakan sebagai pintu keluar masuknya arus barang, sehingga sangat berpengaruh terhadap perekonomian kota Tarakan. Pelabuhan Malundung Tarakan yang dikelola oleh PT PELINDO IV cabang Tarakan saat ini telah menjadi pelabuhan ekspor. Arus kapal peti kemas dari tahun 2009 sebesar 135 call, meningkat di tahun 2010 menjadi 161 call, meningkat di tahun 2011 menjadi 165 call, menurun di tahun 2012 menjadi 136 call, meningkat di tahun 2013 menjadi 303 call, menurun di tahun 2014 menjadi 118 call. Arus peti kemas dari tahun 2009 sebesar 29.793 TEUs dan mengalami peningkatan hingga tahun 2014 menjadi 40.219 TEUs. Kinerja pelayanan pelabuhan ditentukan oleh waktu pelayanan kapal dan nilai Bert Occupancy Ratio (BOR). Nilai BOR pada tahun terakhir sebesar 32,41% masih lebih kecil dari standar yang direkomendasikan UNCTAD sebesar 40% artinya penggunaan dermaga masih layak. Namun pada tahun 2020 nilai BOR mencapai 41,44 % artinya penggunaan dermaga sudah cukup padat. Waktu pelayanan kapal pada tahun 2014 sebesar 68 jam. Kapasitas terminal peti kemas pada Pelabuhan Malundung saat ini sebesar 53.143 Teus per tahun sedangkan arus peti kemas pada tahun 2014 sebesar 40.219 TEUs artinya pada tahun 2014 terminal Malundung Tarakan masih mampu menampung arus peti kemas pada tahun 2014. Akan tetapi tidak mampu menampung arus peti kemas pada tahun 2021 yaitu sebesar 53.443 TEUs.

Malundung Port of Tarakan acts as a gateway in the region of North Borneo and an international port. Malundung Port of Tarakan as exit entry of the flow of goods, thereby greatly affect the economy of the town of Tarakan. Malundung Port of Tarakan managed by PT Pelindo IV Tarakan branch has now become the port of export. The flow of container ships of 2009 amounted to 135 calls, increased in 2010 to 161 calls, increased in 2011 to 165 calls, declined in 2012 to 136 calls, increased in 2013 to 303 calls, declined in 2014 to 118 call , Container flow from the year 2009 of 29 793 TEUs and increased by 2014 to 40 219 TEUs. The performance of port services is determined by the time the ship service and value Bert Occupancy Ratio (BOR). BOR value in recent years 32.41% is still lower than the recommended standard of UNCTAD by 40% means that the use of the dock is still feasible. But in 2020 reached 41.44% BOR value means that the use of the harbor are quite solid. Vessel service time in 2014 was 68 hours. The capacity of the container terminal at the Port of Malundung currently at 53 143 TEUs per year while the container flows in 2014 amounted to 40 219 TEUs in 2014 means Malundung terminal Tarakan still able to accommodate the flow of containers in 2014. However, not able to accommodate the flow of containers on in 2021 amounting to 53.443 TEUs.