Pulau Maratua memiliki ekosistem pesisir yang kompleks, dengan kondisi padang lamun yang baik memiliki peran penting dalam menjaga keseimbangan lingkungan laut. Data dan informasi tentang ekosistem lamun serta aspek ekologis di perairan Indonesia masih sangat minim, diperkirakan kurang dari 20% total luas perairan nasional. Oleh karena itu, penting sekali untuk meneliti kondisi ekosistem pesisir seperti padang lamun dan kualitas air laut. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui indeks kesehatan SEQI (Seagrass Ecological Quality Indekx) dan Status Indeks Kualitas Air laut. Penilitian ini dilaksanakan pada Januari – Maret 2025. Pengambilan data sampel menggunakan metode purposive sampling dan metode Line Intercept Transet (LIT) dengan 7 stasiun. Jenis lamun yang ditemukan terdiri dari Halodule uninervis, Cymodocea serrulata, dan Halophila minor. Nilai SEQI menunjukkan kondisi ekologi padang lamun berada pada kategori sedang hingga baik. Parameter kualitas air laut meliputi suhu, salinitas, pH, DO, TSS, minyak dan lemak, amonia total, serta ortofosfat. Hasil indeks IKAL menunjukkan kualitas air laut di pesisir Desa Teluk Harapan dan Desa Payung - Payung berada pada kategori baik hingga sedang. Kompilasi hasil analisis nilai SEQI di pesisir Pulau Maratua Desa Teluk Harapan dan Desa Payung – Payung menghasilkan nilai 0,75 hingga 0,99 dengan kriteria sedang, bagus dan bagus sekali. Kompilasi hasil pengukuran dan analisis nilai IKAL di pesisie Pulau Maratua Desa Teluk Harapan dan Desa Payung – Payung memiliki nilai antara 78,04 hingga 94,83 yang masuk dalam kategori Baik dan Sangat baik.

Kata kunci: Jasa Lingkungan Lamun, Kualitas Ekologi, Kualitas Kelautan, Pulau Kecil

Maratua Island is home to complex coastal ecosystems, including seagrass beds, which are crucial in maintaining marine environmental balance. Seawater quality is a key factor influencing growth and health in seagrass ecosystems. The Marine Water Quality Index (MWQI) measures seawater quality based on physical and chemical parameters. Seagrass ecosystem data in Indonesian waters remain limited, covering less than 20% of the national marine area. This study aimed to assess the Seagrass Ecological Quality Index (SEQI) and Marine Water Quality Index in two villages: Teluk Harapan, and Payung-Payung. The study was conducted from January to March 2025 using purposive sampling and the Line Intercept Transect (LIT) method across seven stations. The seagrass species identified included Halodule uninervis, Cymodocea serrulata, and Halophila minor. SEQI values ranged from moderate to good. Measured seawater parameters included temperature, salinity, pH, DO, TSS, oil and grease, total ammonia, and orthophosphate. MWQI values in both villages ranged from 78.04 to 94.83, classified as good to very good. SEQI values ranged from 0.75 to 0.99, indicating moderate to excellent ecological conditions Keywords: Seagrass Ecosystem Services, Ecological Quality, Marine Quality, Small Islands