Wilayah dengan potensi perikanan tangkap di perairan pesisir dan muara, adalah perairan muara Ancam Kabupaten Bulungan. Di wilayah ini, terdapat sejumlah unit penangkapan yang dioperasikan oleh nelayan Bulungan dengan tujuan memanfaatkan sumberdaya perikanan secara berkelanjutan. Unit penangkapan ikan yang mendominasi dan aktif beroperasi di wilayah perairan pesisir/muara Ancam adalah unit penangkapan tugu (stownet) dengan hasil tangkapan utama (Main Catch) berupa berbagai jenis udang. Udang adalah hewan kecil tak bertulang belakang (invertebrata) yang tempat hidupnya adalah di perairan air tawar, air payau dan air asin. DNA barcoding adalah salah satu adalah metode molekuler untuk mengidentifikasi spesies yang mampu memberikan kecepatan dan keakuratan dalam mengidentifikasi jenis spesies. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan spesies udang dan karakter molekulernya dari hasil tangkapan tugu Muara Ancam di Kabupaten Bulungan. Tahapan identifikasi molekuler penelitian ini terdiri dari proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA dengan PCR, elektroforesis dan sekuensing. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini menunjukkan bahwa, 8 sampel udang menghasilkan sebuah sekuen nukleotida dengan kisaran panjang DNA 474bp – 699bp (base pairs). Kemudian Hasil pencocokan sekuen menunjukkan bahwa terdapat 8 jenis sekuen yang telah dipasangkan dengan persentase kemiripan terhadap GenBank NCBI. Kemiripan ini berkisar antara 98,41%-100% untuk setiap spesies yang teridentifikasi hasil penelitian identifikasi spesies secara morfologi dan molekuler, terdapat delapan jenis spesies udang yang teridentifikasi yakni Metapanaeus brevicornis, Penaeus merguiensis, Mierspenaeosis scultillis, Eutrichocheles modestus, Orastosqulla interrupta, Solenocera crassicornis, Metapenaeus ensis, Metapenaeus Monoceros.

Kata Kunci: DNA Barcoding, Udang, Morfologi, COI, Jarak Genetik, Filogenetik

The area with the potential for capture fisheries in coastal and estuarine waters is Ancam coastal waters, Bulungan. In this area, several fishing units are operated by Bulungan fishermen to utilise fisheries resources sustainably. The fishing unit that dominates and actively works in the coastal waters of Ancam is the stow net fishing unit, with the main catch being various types of shrimp. Shrimp are small invertebrates living in freshwater, brackish, and salt water. DNA barcoding is a molecular method for identifying species, providing speed and accuracy in identifying species types. This research aimed to determine shrimp species and their molecular characteristics from stow nets fishing at Ancam waters in Bulungan. The molecular identification stages of this research consisted of the DNA extraction process, DNA amplification by PCR, electrophoresis and sequencing. The results obtained from this research showed that eight shrimp samples produced a nucleotide sequence with DNA length range of 474bp-699bp (base pairs). Then, the series matching results demonstrated that eight series types have been paired with a similarity percentage to NCBI GenBank. Due to morphological and molecular species identification research, this similarity ranged from 98.41%-100% for each species identified. There were eight types of shrimp species identified: Metapanaeus brevicornis, Penaeus merguiensis, Mierspenaeosis scultillis, Eutrichocheles modestus, Orastosqulla interrupta, Solenocera crassicornis, Metapenaeus ensis, Metapenaeus Monoceros. Keywords: DNA Barcoding, Shrimp, Morphology, COL, Genetic Distance, Phylogenetics