Ikan kiper termasuk ikan demersal sehingga dapat ditemukan dibagian dasar perairan laut maupun perairan payau, juga memiliki gizi yang cukup tinggi dengan harga terjangkau. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis ikan kiper yang diperdagangkan di Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan Kalimantan Utara berdasarkan karakter mmorfologi dan molekuler, serta menganalisis jarak genetik dan pohon filogenetiknya. Pengambilan sampel diambil secara acak sebanyak 30 sampel ikan kiper. Sampel ikan kiper kemudian diidentifikasi dengan pengamatan morfologi dan molekuler. Molekuler dilakukan dengan menggunakan DNA barcoding berbasis gen mitokondria Cytochrome Oxydase Subunit I (COI) melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis dan sekuensing. Hasil dari sekuensing di validasi dengan fitur Basic Local Aligment Search Tool – nucleotide (BLAST-n) menunjukkan bahwa ikan kiper dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan merupakan spesies Scatophagus argus dengan tingkat kemiripan antara 98,98% - 99,85% S. argus yang ada pada GenBank Basic Local Aligment Search Tool (BLAST). Jarak genetik ikan ikan kiper dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan dengan data lain dari sekuen yang dikumpulkan dari National Centre For Biotechnology Information (NCBI) diperoleh jarak genetik yang sangat dekat yaitu dengan jarak 0,002 dari perairan Malaysia bagian Pinang dan Thailand. Rekonstruksi pohon filogenetik membentuk clade ingroup dengan percabangan sekuen S. argus dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan dengan S. argus dari perairan Indonesia (Lampung), Malaysia (Pinang dan Selangor) Thailand.
Kata Kunci: DNA barcoding, filogenetik, jarak genetik, morfologi, Scatophagus argus

Kiper fish (Scatophagus argus) is a demersal fish, so it can be found in the bottom of sea waters and brackish waters. It also has high enough nutrition at an affordable price. This research aimed to identify the fish types that are traded in the Beringin Traditional Market in Tarakan City, North Kalimantan based on morphological and molecular characters, as well as analyze the genetic distance and phylogenetic tree. Up to 30 samples of the fish were obtained at random during the sampling process. The fish samples were then identified by morphological and molecular observations using the mitochondrial gene Cytochrome Oxydase Subunit I (COI) through the process of DNA extraction, DNA amplification, electrophoresis and sequencing. The results of the sequencing validated with vitur Basic Local Alignment Search Tool nucleotide (BLAST-n) showed that the fish from the Traditional Beringin Market in Tarakan City was a Scatophagus argus species with a similarity level between 98.98% 99.85% which available in GenBank Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). The genetic distance of the fish from the Traditional Beringin Market in Tarakan City with other data from the sequence collected from the National Center For Biotechnology Information (NCBI) obtained a very close genetic distance with a range of 0.002, which was from the Malaysian waters of Pinang and Thailand. The reconstruction of the phylogenetic tree forms an ingroup clade by branching the sequence of S. argus from the Traditional Beringin Market in Tarakan City with S. argus from the waters of Indonesia (Lampung), Malaysia (Pinang and Selangor), and Thailand so that it can be known the sustainable management strategy to prevent species extinction. Keywords: Scatophagus argus, morphology, COI, genetic distance, phylogenetic