Kepiting merupakan salah satu komoditi hasil perikanan yang ditemukan hampir diseluruh perairan laut indonesia. Salah satu cara untuk mempertahankan populasi kepiting dengan pengidentifikasian yang akurat terhadap spesies yang hendak dikelola. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui jenis kepiting yang ditemukan di Perairan Tanjung Pasir Kota Tarakan, untuk mengetahui karakter morfologis dan mengetahui jarak genetik kepiting berdasarkan penanda molekuler gen COI (Cytohcrome Oxidase Subunit I). Identifikasi dimulai dengan melakukan pengukuran karakteristik morfologi, morfometrik, meristik (Morfologis) kemudian dilanjutkan proses isolasi DNA menggunakan kit ekstraksi DNA wizard Genomic DNA Purification, Promega dan kemudian dilanjutkan dengan amplikasi DNA dengan PCR. Hasil dari dendogram similaritas morfologis kepiting terjadinya 3 klaster, klaster 1 dan 2 beranggotakan kepiting bakau dan rajungan, sedangkan klaster 3 beranggotakan kepiting batu. Untuk hasil identifikasi molekuler menunjukkan teridentifikasi contoh sampel A1 dengan GenBank NCBI adalah kepiting jenis Myomenippe fornasinii dan contoh sampel A2 adalah Myomenippe hardwickii dan A3 adalah Syclla tranquebarica dan sampel A4 tidak ditemukan kecocokan sekuens dengan data pada NCBI. Dari hasil analisis jarak genetik ditemukan sampel A1 dan A2 merupakan contoh sampel terdekat dengan nilai 0,019.
Kata Kunci: COI, Jarak genetik, Morfologis, Molekuler, Kepiting

Crab is one of the fishery product commodities that is found in almost all Indonesian marine waters. One way to maintain crab populations is by accurately identifying the species to be managed. This study aimed to determine the types of crabs found in the Tanjung Pasir Waters area, Tarakan City, to know the morphological characteristics and the genetic distance of crabs based on the molecular marker of the COI (Cytocrome Oxidase Subunit I) gene. Identification begins with measuring morphological, morphometric, and meristic (morphological) characteristics and then proceeds with the DNA isolation process using the Genomic DNA Purification DNA wizard extraction kit, Promega, and then proceeds with DNA amplification by PCR. The results of the dendrogram of morphological similarity of the crabs are that there are 3 clusters, clusters 1 and 2 consists of mud crabs and small crabs, while cluster 3 consists of stone crabs. The result of identification molecular, it was identified that sample Al with GenBank NCBI was a crab of the type Myomenippe fornasinii and A2 was Myomenippe hardwickii, A3 was Syclla tranquebarica, and sample A4 found no sequence match with the data at NCBI. From the results of genetic distance analysis, it was found that samples Al and A2 were the closest samples with a value of 0.019. Keywords: COI, Genetic distance, Morphological, Molecular, Crab.