Ikan baronang merupakan ikan demersal yang hidup di dasar atau dekat dengan dasar perairan. Ikan baronang memiliki banyak variasi morfologi sehingga perlu diidentifikasi spesiesnya secara akurat. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui jenis ikan baronang (Siganus spp.) yang diperdagangkan di pasar Beringin Tarakan, berdasarkan karakter morfologi dan molekulernya (Jarak genetik dan hubungan kekerabatan). Penelitian ini dilakukan dengan mengukur karakter morfologi dan morfometrik. Selanjutnya, diidentifikasi karakter molekuler melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA dengan PCR, elektroforesis, dan sekuensing. Berdasarkan identifikasi karakter morfologi dan molekuler pada penelitian ini ditemukan dua jenis ikan yang berbeda yaitu S. guttatus dan S. javus. Satu sekuen di uji molekuler dan disimpulkan bahwa sekuen dalam penelitian ini merupakan spesies S. guttatus dengan panjang 710 bp dan tingkat kemiripan dengan kisaran 98.78% - 99.79% dengan spesies S. guttatus yang ada pada GenBank NCBI. Dari hasil analisis jarak genetik sekuen dari pasar Beringin Tarakan dan dengan data sekuen lain yang dikumpulkan dari GenBank NCBI jarak genetik terdekat 0,000 adalah dari perairan Vietnam, Filipina, Canada, Malaysia dan perairan India. Rekonstruksi filogenetik membentuk 2 clade. Clade 1 adalah spesies dari S. guttatus (in-group) dan clade 2 adalah spesies dari S. javus (out-group).
Kata Kunci: Ikan Baronang, Morfologi, COI, Jarak genetik, Filogenetik

Rabbitfish is a demersal fish that lives at the bottom or close to the bottom of the waters. It has many morphological variations, so it is necessary to identify its species accurately. The objective of this research was to determine the types of rabbitfish (Siganus spp.) traded in Beringin market of Tarakan based on their morphological and molecular characteristics (genetic distance and kinship). This research was conducted by measuring the morphological and morphometric characters. The molecular characters was identified through the process of DNA extraction, DNA amplification by PCR, electrophoresis, and sequencing. Based on the identification of morphological and molecular characters, there were different types of rabbitfish found, namely S. guttatus and S. javus. One sequence was tested using molecular analysis and it was concluded that the sequence was a S. guttatus species with a length of 710 bp and a similarity level of 98.78% - 99.79% to the S. guttatus species in NCBI GenBank. Based on the genetic distance analysis of the sequences from Beringin market of Tarakan and other sequence data collected from NCBI GenBank, the closest genetic distance was 0.000 which was from the waters of Vietnam, the Philippines, Canada, Malaysia, and India. The Phylogenetic reconstruction formed 2 clades in which Clade 1 was the species of S. guttatus (in-group) and clade 2 was the species of S. javus (out-group).